白血病キメラ遺伝子検査の利用手引き / Guide for screening of chimeric genes related to leukemia

白血病キメラ遺伝子検査の利用手引き

スクリーニング	ポイント	白血病疑いの初診時 (高発現時) に用いるスクリーニング検査です。白血病キメラ遺伝子を検出いたします。キメラmRNAを検出した場合は、検出されたキメラmRNAの「コピー数/μgRNA」を報告いたします。治療のモニタリングは、スクリーニング検査で検出されたキメラ遺伝子の定量および定性の単項目のご依頼をお願いいたします。本検査試薬は自家調製です。
	性能	定量限界 (最小報告値) は50コピー/μgRNAです。
	該当項目	0M857 8 M857 4 4865 1911 白血病キメラスクリーニング(定量) 項目構成 (下記14項目) Major BCR::ABL1、minor BCR::ABL1、PML::RARA、RUNX1::RUNX1T1、CBFB::MYH11、DEK::NUP214、NUP98::HOXA9、ETV6::RUNX1、TCF3::PBX1、STIL::TAL1、KMT2A::AFF1、KMT2A::AFDN、KMT2A::MLLT3、KMT2A::MLLT1
定量 (リアルタイムPCR)	ポイント	治療のモニタリングに用いる検査です。報告値は、「キメラmRNA補正値 (コピー数/μgRNA)」、「キメラmRNA実測値 (コピー数/μgRNA)」、「GAPDH (内部標準) 実測値 (コピー数/μgRNA)」です。定量限界未満の報告 ■50コピー/μgRNA未満 ■検出せず (本測定系の検出限界未満) 検出せず (本測定系の検出限界未満) と判定された場合でも、各種キメラ遺伝子の存在を否定するものではありません。臨床診断においては、他の検査結果や臨床所見と合わせて総合的に判断してください。本検査試薬は自家調製です。
	性能	定量限界 (最小報告値) は50コピー/μgRNAです。
	該当項目	02646 2 2646 1 1422 1755 Major BCR::ABL1mRNA定量 02984 7 2984 0 4700 minor BCR::ABL1mRNA定量 02946 9 2946 2 7402 TCF3::PBX1mRNA定量 02989 2 2989 6 4710 1846 PML::RARAmRNA定量 02988 3 2988 9 4714 CBFB::MYH11mRNA定量 02991 9 2991 3 4711 RUNX1::RUNX1T1mRNA定量 02993 7 2993 8 4712 ETV6::RUNX1mRNA定量 02944 1 2944 8 4705 KMT2A::AFF1mRNA定量 06835 8 6835 3 4704 KMT2A::AFDNmRNA定量 02945 0 2945 5 4706 KMT2A::MLLT3mRNA定量 06832 1 6832 1 4703 KMT2A::MLLT1mRNA定量 02994 6 2994 5 4716 NUP98::HOXA9mRNA定量 06830 3 6830 7 4725 STIL::TAL1mRNA定量 02992 8 2992 1 4715 DEK::NUP214mRNA定量 Major BCR::ABL1mRNA定量 minor BCR::ABL1mRNA定量 PML::RARAmRNA定量 CBFB::MYH11mRNA定量 RUNX1::RUNX1T1mRNA定量
定性 (nested PCR)	ポイント	治療のモニタリングおよび再発のモニタリングに用いる検査です。各種キメラmRNAを高感度に検出することができます。報告値は「キメラmRNAを検出せず」「検出しました」です。 ※定性検査においても、検出限界はあるため、「検出せず」となった場合でも完全にMRDを否定するものではありません。本検査試薬は自家調製です。
	性能	検出限界は10コピー/μgRNAです。
	該当項目	06324 5 6324 2 4558 1139 Major BCR::ABL1mRNA定性 06325 4 6325 0 4559 minor BCR::ABL1mRNA定性 00B92 8 0B92 8 micro BCR::ABL1mRNA定性 02498 7 2498 6 4577 TCF3::PBX1mRNA定性 06321 8 6321 1 4580 PML::RARAmRNA定性 02734 4 2734 5 4611 CBFB::MYH11mRNA定性 06010 3 6010 7 7040 RUNX1::RUNX1T1mRNA定性 06016 7 6016 1 7048 RUNX1::MECOMmRNA定性 02307 8 2307 6 7033 ETV6::RUNX1mRNA定性 02293 4 2293 2 7027 KMT2A::AFF1mRNA定性 0M498 7 M498 9 KMT2A::AFDNmRNA定性 02294 3 2294 0 7028 KMT2A::MLLT3mRNA定性 02295 2 2295 7 7029 KMT2A::MLLT1mRNA定性 06039 2 6039 3 7043 DEK::NUP214mRNA定性 Major BCR::ABL1mRNA定性 minor BCR::ABL1mRNA定性 PML::RARAmRNA定性 RUNX1::RUNX1T1mRNA定量

白血病の診断・治療と遺伝子検査の流れ及び測定性能について

白血病は白血病細胞が無秩序に増加する疾患であり、白血病の病型によって白血病細胞に特徴的なキメラ遺伝子が発現しています。診断にはキメラ遺伝子の発現の有無を確認すること、また治療効果判定には高感度な測定方法を選択することが重要です。

【留意事項】

白血病キメラ遺伝子によってはバリアントが存在し、検出できない場合があります。
検体の性状 (治療後で少ない細胞数など) によっては、低値または偽陰性の結果となる場合があります。
白血病キメラ遺伝子定量検査における定量限界未満の確認検査として定性nested PCRをお勧めしています。
自家調製試薬を用いた白血病キメラ遺伝子については、施設間差・測定方法間差が認められています。ご利用にあたってはご留意ください。

監修：新渡戸文化短期大学教授/学長　宮地勇人

Guide for screening of chimeric genes related to leukemia

Screening	Points	These screenings are used for patients suspected of having leukemia at the initial examination (at which a high-level expression is seen) to detect leukemia-related chimeric genes. If chimeric mRNA is detected, the level of the chimeric mRNA is reported as “number of copies/μg RNA.” For monitoring of treatment, put in a request for each of quantitative and qualitative assays of the detected chimeric gene at the time of screening. In the assays, in-house prepared reagents are used.
	Performance	The lower limit of quantification (or the lowest reportable value) is 50 copies/μg RNA.
	Parameters screened	0M857 8 M857 4 Screening of chimeric genes related to leukemia, quantitative The following 14 parameters are included: Major BCR::ABL1、minor BCR::ABL1、PML::RARA、RUNX1::RUNX1T1、CBFB::MYH11、DEK::NUP214、NUP98::HOXA9、ETV6::RUNX1、TCF3::PBX1、STIL::TAL1、KMT2A::AFF1、KMT2A::AFDN、KMT2A::MLLT3、KMT2A::MLLT1
Quantitative assays, Real-time PCR	Points	These assays are used for monitoring of treatment. Results are reported as “corrected value of chimeric mRNA (number of copies/μg RNA),” “measured value of chimeric mRNA (number of copies/μg RNA),” and “measured value of GAPDH (internal standard) (number of copies/μg RNA).” Reporting results below the lower limit of quantification ■ < 50 copies/μg RNA ■ None-detected (below the detection limit of the assay) Even if a result is reported as “None-detected (below the detection limit of the assay),” it does not rule out the possibility of existence of various chimeric genes. Diagnosis shall be made comprehensively, taking into account other test results and clinical findings. In the assays, in-house prepared reagents are used.
	Performance	The lower limit of quantification (or the lowest reportable value) is 50 copies/μg RNA.
	Parameters screened	02646 2 2646 1 Major BCR::ABL1 mRNA quantitative 02984 7 2984 0 minor BCR::ABL1 mRNA quantitative 02946 9 2946 2 TCF3::PBX1 mRNA quantitative 02989 2 2989 6 PML::RARA mRNA quantitative 02988 3 2988 9 CBFB::MYH11 mRNA quantitative 02991 9 2991 3 RUNX1::RUNX1T1 mRNA quantitative 02993 7 2993 8 ETV6::RUNX1 mRNA quantitative 02944 1 2944 8 KMT2A::AFF1 mRNA quantitative 06835 8 6835 3 KMT2A::AFDN mRNA quantitative 02945 0 2945 5 KMT2A::MLLT3 mRNA quantitative 06832 1 6832 1 KMT2A::MLLT1 mRNA quantitative 02994 6 2994 5 NUP98::HOXA9 mRNA quantitative 06830 3 6830 7 STIL::TAL1 mRNA quantitative 02992 8 2992 1 DEK::NUP214 mRNA quantitative
Qualitative assays, Nested PCR	Points	These assays are used for monitoring of treatment and relapse with high sensitivity to detect various chimeric mRNAs. Results are reported as “The chimeric mRNA was none-detected” or “Detected.” * Qualitative assays also have the detection limit; therefore, a result of “None-detected” does not completely rule out the possibility of minimal residual disease (MRD). In the assays, in-house prepared reagents are used.
	Performance	The lower limit of detection is 10 copies/μg RNA.
	Parameters screened	06324 5 6324 2 Major BCR::ABL1 mRNA qualitative 06325 4 6325 0 minor BCR::ABL1 mRNA qualitative 00B92 8 0B92 8 micro BCR::ABL1 mRNA qualitative 02498 7 2498 6 TCF3::PBX1 mRNA qualitative 06321 8 6321 1 PML::RARA mRNA qualitative 02734 4 2734 5 CBFB::MYH11 mRNA qualitative 06010 3 6010 7 RUNX1::RUNX1T1 mRNA qualitative 06016 7 6016 1 RUNX1::MECOM mRNA qualitative 02307 8 2307 6 ETV6::RUNX1 mRNA qualitative 02293 4 2293 2 KMT2A::AFF1 mRNA qualitative 0M498 7 M498 9 KMT2A::AFDN mRNA qualitative 02294 3 2294 0 KMT2A::MLLT3 mRNA qualitative 02295 2 2295 7 KMT2A::MLLT1 mRNA qualitative 06039 2 6039 3 DEK::NUP214 mRNA qualitative

Flow of Diagnosis, Treatment and Genetic Testing for Leukemia, and Measuring Performance

Leukemia is a disease in which leukemia cells proliferate chaotically, and chimeric genes, which are characteristic of leukemia cells, are expressed according to disease type. For diagnosis, it is important to check whether there is expression of chimeric genes, and for determining treatment effect, to select measuring methods of high sensitivity.

[Note]

In some leukemia chimeric genes, variants exist, and they may not be detectable.
Due to the nature of the specimen (number of cells being small after treatment, etc.), the level may be low, or the result may show false-negative.
As a test to confirm leukemia chimeric genes below the limit of quantitative determination, we recommend qualitative nested PCR.
In using in-house prepared reagents for determination of leukemia chimeric genes, it should be noted that difference between facilities and between measuring methods have been found.

Flow of diagnosis and treatment, and timing for conducting the test ／ Measuring performance and report on results

Supervised by Professor Hayato Miyachi, MD, PhD, Dean of Nitobe Bunka College